Crkva je sagrađena pre prvog srpskog ustanka 1803. godine u Negotinu.

Crkva Presvete Bogorodice sagrađena je 1803. godine, u vreme kada su turske džamije parale oči hrišćanskom stanovništvu.
Međutim, Pazvan-oglu je odobrio građenje crkve na zahtev Mitropolita Kalinika.

Za vreme odbrane Negotina u I Srpskom ustanku crkva je bila bolnica za smeštaj ranjenika, a njegova u porti sahranjen je legendarni junak Hajduk Veljko i nekoliko njegove bećare.

Čuveni srpski kompozitor Stevan Mokranjac je takođe svojevremeno pevao i dirigovao u crkvi.